上海软科于2016年10月18日正式发布了2016年中国两岸四地大学排名，这是该排名自2011年问世以来第六次发布，排名展示了我国大陆、台湾地区、香港特别行政区和澳门特别行政区领先的100所研究型大学。
清华大学(北京)蝉联两岸四地第一名，北京大学跃升至第二名，排名第三的是台湾的清华大学(新竹)，中国科学技术大学位列第四，香港大学和香港中文大学并列第五名。澳门排名最高的澳门科技大学名列两岸四地第32名。
软科中国两岸四地大学排名的对象是两岸四地高校中以建设世界一流大学和国际知名的高水平研究型大学为目标，并且面向两岸四地招生的大学。2016年排名的对象有140所，其中内地92所、台湾38所、香港8所、澳门2所。
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